rm: cannot remove `XXX': Input/output error en NTFS bajo GNU/Linux
Determinados problemas en NTFS no pueden ser solventados desde GNU/Linux, uno muy común es el que aparece cuando determinados ficheros no pueden ser leídos / editados y se muestra un error de entrada salida. Esto se suele deber a una corrupción en los índices del sistema de ficheros y puede ocasionar que se vean ficheros en el dispositivo que hayan sido previamente borrados y/o que no aparezcan otros copiados al dispositivo.
rm: no se puede borrar 'XXXX': Error de entrada/salida
Al listar dichos ficheros suelen mostrarse nombres de archivo con caracteres inusuales y suelen carecer de información sobre su fecha de creación. La solución es ir a un sistema Windows y una vez identificada la partición / disco, ejecutar el siguiente comando para reconstruir los índices.
Uso de CHKDSK: https://es.wikipedia.org/wiki/CHKDSK
chkdsk E: /f