Modo más común de obtener la Ñ en teclados alemanes y casi siempre funcional. Pulsar AltGr + (Tecla +*~) y después la letra n

Cuando no funciona la anterior combinación o bien queremos otra más simplificada, una buena solución es la siguiente (tecla AltGR + tecla n).

xmodmap -e "keycode 57 = n N n N ntilde Ntilde ntilde"

Probar el resultado: AltGR + tecla n

Para que la configuración de xmodmap se mantenga después de los reinicios del sistema, se puede agregar la linea al fichero ~/.xinitrc. Si ya se tiene configurado xmodmap para que su configuración inicie por medio de .xinitrc valdría con guardar la nueva configuración en ~/.Xmodmap

xmodmap -pke > ~/.Xmodmap