Determinados problemas en NTFS no pueden ser solventados desde GNU/Linux, uno muy común es el que aparece cuando determinados ficheros no pueden ser leídos / editados y se muestra un error de entrada salida. Esto se suele deber a una corrupción en los índices del sistema de ficheros y puede ocasionar que se vean ficheros en el dispositivo que hayan sido previamente borrados y/o que no aparezcan otros copiados al dispositivo.

rm: no se puede borrar 'XXXX': Error de entrada/salida

Al listar dichos ficheros suelen mostrarse nombres de archivo con caracteres inusuales y suelen carecer de información sobre su fecha de creación. La solución es ir a un sistema Windows y una vez identificada la partición / disco, ejecutar el siguiente comando para reconstruir los índices.

Uso de CHKDSK: https://es.wikipedia.org/wiki/CHKDSK

chkdsk E: /f